A fertőzőosztály a kórház egyik legrégibb osztálya. A "járványkórház" első épületét valószínűleg az 1880-as években, a kolerajárvány idején emelték. Ebben az épületben három kis betegszoba, egy személyzeti szoba és hullakamra volt.
1912-ben új "járványkórház" épül. Fabarakkokból áll, amelyekben 20 betegágy van elhelyezve. Többször is átalakították.
1942. I. 1-jén a kórház új helyre telepítésével a járványkórház az új Városi Kórház részévé vált mint annak fertőzőosztálya.
1950-ben az osztály első vezető főorvosává dr. Szegedi Mihályt nevezik ki. Noha ő általános orvos, és nem rendelkezett infektológusi szakképesítéssel, de igen tapasztalt volt. 57 éves korában lett osztályvezető, és 1960-ban nyugdíjazták.
1960-ban dr. Verner János, szintén általános orvos került az osztály élére. Ő 53 évesen vette át az osztály vezetését. 1961-ben az osztály 28 ággyal rendelkezik, ez a szám 1964-ben 30-ra emelkedik. Dr. Verner 1968. V. 1-ig dolgozott, és vezette az osztályt, amikor is nyugdíjazták.
Dr. Pócs Gábor 1967-ben kezdi meg, és 1970-ben fejezi be infektológusi szakosítását. 1968 folyamán dr. Görög István, 1969-ben pedig dr. Dani Gáspár általános orvosok dolgoznak még az osztályon. Az utóbbi 1969-ben távozik az osztályról, mivel megkezdi belgyógyászati szakosítását. Abban az időben, amikor még mindketten az osztályon voltak, dr. Milan Jakovljević belgyógyász szakorvos hetenként egyszer látogatást tett itt.
Dr. Pócs Gábor a szakosítás befejezése után átveszi az osztály vezetését. Minthogy az osztály igen rossz állapotban volt, a működés alapfeltételei is hiányoztak, kezdeményezés indult új épület emelésére a fertőzőosztály részére. Elkészültek a tervek, gondoskodtak a pénzeszközökről, de bizonyos okokból ez a beruházás nem került be Zenta község középtávú fejlesztési tervébe, így a fennálló osztály igen rossz elhelyezési és szanitáris körülményei folytán 1975-ben határozatot hoznak a fertőzőosztály bezárásáról.
Ettől kezdve a kórháznak nincs fertőzőosztálya, az egyes osztályok kötelesek szobával rendelkezni a fertőző betegek elkülönítésére, a fertőző betegségben megbetegedetteket pedig a szabadkai és nagykikindai kórházak fertőzőosztályára vagy az újvidéki Infektológiai Klinikára küldik.