A második világháború kitörése közvetlenül nem érintette Jugoszláviát. A háborús pszichózis azonban a német agressziók nyomán fokozódott, és nyilvánvalóvá vált, hogy Hitler a világ újrafelosztására, a versailles-i béke revíziójára törekszik. Kelet-Európát destabilizálta Ausztria bekebelezése, Csehszlovákia felbomlása, majd Lengyelország elosztása. A jugoszláv állam is kritikus helyzetbe került, kormánya a békét a Hármas Szövetségbe való csatlakozással vélte megőrizni. Ez a lépés azonban igen népszerűtlen volt abban az országban, amely megalakulását az antant, főképp a franciák támogatásának köszönhette; a kormányt a baloldali és kommunista érzelmű tüntetésekre támaszkodó tiszti puccs megbuktatta. Ezek a tüntetések Zentát is elérték, bennük gimnazisták és a Szabadkán tanuló szláv középiskolások vettek részt. A két bécsi döntés, amely Magyarország trianoni határait Szlovákia és Románia felé revideálta, a jugoszláviai márciusi tüntetések után előrevetítette egy újabb határrevízió lehetőségét, ezúttal Jugoszlávia irányában. Az események azonban a vártnál gyorsabban peregtek, mivel Hitler tarsolyában volt egy tartalékolt haditerv Jugoszlávia lerohanására is. Ebben a haditervben a szomszédos államok is szerepet kaptak, így Magyarország is: a trianoni békeszerződés és a magyar-jugoszláv örök barátsági szerződés megszegésével a Jugoszláv Királyság felbomlására, a magyar nemzetiség védelmére hivatkozva a Bácskát katonai erővel visszakebelezte (restitutio in regnum). Erre jogcímet a korábbi magyar történelmi birtoklásban és a magyar lakosság nemzeti felszabadításában talált "a 23 éves szerb megszállás alól".82
A háborús feszültségre való tekintettel a jugoszláv közoktatásügyi minisztérium a zentai gimnáziumot április elsején rendeletileg bezárta. A tanári kar férfi tagjainak egy részét mozgósították, illetve a szláv nemzetiségűek csomagoltak és menekültek. Belgrád német bombázása után a jugoszláv hadsereg visszavonult, Zentát is elhagyta, a tiszai hidat a kivonulók felrobbantották. A magyar hadsereg előőrsei április 11-én elérték Zentát, majd a következő napon, húsvét napján, a magyar lakosság részéről tömeges ünnepi fogadtatásban részesítve, Csatári Dániel ezredes egységei is díszmenetben bevonultak; a városháza előtt Žarko Cetina polgármester átadta Csatári parancsnoknak a város jelképes kulcsait (megjegyezzük: Zenta címerében két kulcs látható).
Az ünnepélyes átadás sem akadályozta meg azonban azokat az atrocitásokat, amelyeknek ártatlan emberek, gyermekek és nők is áldozatul estek. Április végéig a katonai megszállás szinte korlátlan terrort gyakorolt a szláv és zsidó lakosság felett a helybeli magyar szélsőséges soviniszta elemek támogatásával. A terrornak 65 számbavett áldozata között nem volt a gimnáziumnak sem tanára, sem tanulója.83
Április végén katonai közigazgatást vezettek be, ennek keretében Zentán városparancsnokság alakult. A városparancsnokság tanügyi tanácsosa felhívta a gimnázium magyar nemzetiségű tanárait84 az intézmény munkájának folytatására. Először azonban a károkat kellett számba venni és szanálni, a híd robbantásakor megrongálódott tetőzetet megjavítani, és csak ezután, május 6-án kerülhetett sor a tanév folytatására, de csupán a magyar osztályokban. A szerb tagozatok nem folytatták a munkát, mert sem a tanárokat, sem a tanulókat nem lehetett behívni: elmenekültek vagy kitelepítették őket. Néhányan azonban a magyar tagozatokon folytatták a tanévet.
A magyar kormány politikája a Bácskában a "Délvidék visszacsatolása" tézisére épült. Ennek keretében alakult ki a magyar királyi Vallás- és Közoktatásügyi Minisztérium viszonya a délvidéki iskolák, közöttük a zentai gimnázium iránt. Ez a politika "Délvidék 23 éves szerb megszállásából" indult ki, erőhatalmi diktátumnak minősítve a trianoni békeszerződést. Ezen az alapon e 23 év minden nyomát, jó vagy rossz alkotását ki akarta törölni még az emlékezetből is, és ott kívánta folytatni az életet, ahol az 1918. évi szerb katonai megszállás megszakította. Az így értelmezett folytonosság jegyében és szellemében az 1941/42. tanévtől kezdődően visszaállították a főgimnáziumot, és élére kinevezték Veress Árpádot, az egykori Államilag Segélyzett Községi Főgimnázium utolsó magyar igazgatóját. Reaktiválták a még élő, öreg nyugdíjas tanárokat, visszaállították az 1939-ben megszüntetett hitoktatást, az iskola múzeumából életre keltették az 1918 előtti térképeket és tanszereket, illetve most oda utalták az 1918 utániakat. Mindezek ellenére a szerb nemzetiségű tanulók száma évről évre növekedett: 1941-ben mindössze 19, 1942-ben 37, 1943-ban pedig már 48 volt a szláv tanulók létszáma.85 A gimnázium korábbi szláv nemzetiségű tanárai közül azonban egy sem tanított, hanem az újvidéki szerb gimnáziumból helyeztek át két tanárt Zentára a szerbnek mint egyik kötelező idegen nyelvnek az oktatására.86
A Monarchia széthullása óta azonban Magyarországon is jelentős változások történtek. Akárcsak Jugoszláviában, úgy ott is az 1924. évi XI. törvénycikkel elválasztották a reál- és a humán gimnáziumot. Az iskolák kormányzati ellenőrzése még fokozottabban érvényesült, mint Jugoszláviában. Ezek az iskolák nevelték ugyanis azt a nemzedéket, amelynek hitvallása a "Nem! Nem! Soha!", a trianoni igazságtalan békediktátum tagadása, a magyarnak tekintett elveszített területek visszacsatolása kellett, hogy legyen. "Csonka Magyarország nem ország, egész Magyarország mennyország!" - hirdette minden füzet hátsó oldala Magyarországon az első elemitől az egyetemig. A trianoni szerződés revíziója békés úton, a kisantant merev elzárkózása mellett aligha tűnt megvalósíthatónak, tehát a katonai erő bevetése is reálisan felmerült a magyar vezető körökben, természetesen a nemzetközi viszonyok kedvező alakulása esetén. Ezért a magyar neveléspolitika második összetevője a "jó magyar" után a "jó katona" lett. Ehhez kötődött a "szerb impérium" néhol jogos, néhol túlzó bírálata.
A zentai gimnáziumba 1941 nyarán áthelyezett fiatal magyarországi tanerők többségükben ezt az új szellemet képviselték: a folyamatos "éberséget", az "őrtállást", a "szerb impérium" káros hatásának, következményeinek felszámolását. "A szerb impérium eltékozolta a zentai gimnázium régi, hagyományos rendjét." - ez volt az átszervezett tanári testület nevelőtevékenységének mottója. Ergo: ezt a régi, hagyományos rendet kellett elsősorban restaurálni. Emellett minden feladat elvégzése nem csupán tanári kötelesség, hanem egyben nemzeti feladat is volt. Általában mondható, hogy szinte elburjánzott a nevelőmunkában a "parancs" és az "alázatos odaadás". Így dr. Balog Ányos tankerületi főigazgató 1942. május 12-i látogatása alkalmával megtartott tanári értekezleten "kiemelte a katonás fegyelem szükségességét, és hangoztatta, hogy a nemzeti érdek lankadatlan nevelői és tanítói munkát. követel." -, majd így folytatta:
"Az ország vezető rétegét jellemezze igazi tudás és a nemzet céljai iránti alázatos odaadás. Mindenkitől teljes erőkifejtést, engedelmességet és a nemzeti ügy feltétlen és önzetlen szolgálatát követelem."87
Ezek után az 1941/42. tanévről kiadott értesítő megelégedéssel állapítja meg:
"Ma már katonás rend, katonás szellem és katonás fegyelem van az intézet falai között." (Kiemelések: D. J.)
A tanügyi szakhatóság azonban nem a szegedi Tankerületi Főigazgatóság volt immár, hanem az újvidéki Másodfokú Igazgatósági Kirendeltség. Ennek leiratából kitűnik az is, hogy a kormányzat a jugoszláv hagyatékból még a koedukációt is fel akarta számolni. Az 1941/42. tanévben nem írták be többé a leányokat az első osztályba, aminek a négy év eltelte után a fiúgimnázium felújítása lett volna az eredménye, addigra ugyanis az utolsó leányosztály is befejezte volna az iskolát. Leányok ezután ismét csupán magántanulókként végezhették el a gimnáziumot. Felújították viszont a leánypolgári iskolát. Ugyanakkor minisztériumi engedély alapján az első világháború idején működött "munkásgimnáziumot" is újból megnyitották. Ez valójában a gimnáziumban működő esti tanfolyam volt, amelybe 20 évnél idősebb érdeklődőket írtak be; ezek a tanfolyam befejezése után magánvizsgát tehettek.88
Az 1941-ben magyar ("anyaországi") tanerőkkel felerősített tanári testület a kormányzat általános és neveléspolitikai intencióinak megfelelő szigorral vette kezébe a gimnáziumi tanulóifjúság órán és iskolán kívüli tevékenységének irányítását és viselkedésének rendszabályozását. Rövidesen megalakultak a tanulók szervezetei: az Arany János Önképzőkör irodalmi, szociális és fotószakosztállyal, a Botond Cserkészcsapat, a Diákkaptár gimnáziumi szervezete (ez rongy-, papír-, fém-, csont- stb. hulladékok gyűjtésével foglalkozott), a Kinizsi Pál Sportkör tornász, atlétikai, labdarúgó, asztalitenisz, korcsolya és kerékpározó szakosztállyal, a gimnáziumi leventecsapat három korcsoporttal. A leventék a hadügyminisztérium kiképzési rendelete alapján téli és nyári kiképzésben részesültek. Ez félnapos leventefoglalkozást jelentett, amit rendszerint szombaton tartottak. A kiképzés befejeztével, június közepén "leventenapot" rendeztek. A leventeoktatás folyamán az "egészséges közösségi szellem" ápolása érdekében a nemzeti és faji felsőbbség téveszméit ültették a fogékony fiatalok tudatába. Így az elvitathatatlanul több szempontból is hasznos foglalkozás és tevékenység, az annyira hangoztatott és méltányolt rend visszaállítása egy elvétett cél - a dolgozó rétegek és a nemzetiségek elnyomásán és kizsákmányolásán felépült kormányzati rendszer erősítése, katonai erejének fokozása irányában hatott. Ez a rendszer pedig még mindig a magyar felsőbbség, a kultúrfölény és a Duna-völgyi vezetőszerep balhiedelmében élt, tehát eszmei és politikai tengelye volt törött.
A zentai gimnáziumot már csak azért sem volt nehéz beilleszteni a korabeli magyar társadalmi és politikai rend kereteibe, mert a kétségtelenül tipikusnak is nevezhető alföldi magyar mezőváros közönsége igen súlyosan megszenvedte a nemzeti kisebbség hátrányos helyzetét. Ebből fakadt az a tény, hogy a kormányzat politikája, amely a magyar társadalom különböző rétegeinek összefogását hirdette az internacionalista, "judeo-bolsevista" összeesküvés ellen, annak rovására írva a magyar nemzeti érdekek feladását Károlyi Mihálytól és az 1918 novemberében aláírt belgrádi fegyverszüneti egyezménytől kezdve, Zentán és környékén igen termékeny talajra hullott. Ehhez járult még az is, hogy kezdetben valóban hathatós támogatást nyújtott a rászorulók gyermekeinek a gimnáziumi iskolázáshoz: a Vallás- és Közoktatásügyi Minisztérium 1942-ben 18 840 pengő segélyt osztott ki 93 szegénysorsú tanulónak, 80-300 pengős tételekben, tanulmányi eredményeiktől függően. A segély összege azonban már a következő tanév végére 3000 pengőre csökkent, majd az 1943/44. tanévben 600-ra, pedig a háborús évek nyomora épp a legszegényebb rétegeket sújtotta.89
A tengelyhatalmak sorsdöntő vereségei Afrikában El-Alamein mellett és Európában Sztálingrádnál előrevetítették egy esetleges visszarendeződés, egy új Trianon lehetőségét. Erre Zentán is sokan gondoltak, és a kezdeti lelkesedést előbb az aggódás, azután a beszolgáltatások és a népszerűtlen közellátási intézkedések miatt fokozódó ellenszenv váltotta fel. Ugyanakkor a jugoszláv partizánok tevékenységéről, a legendás Tito partizánvezérről is egyre több hírt hallottak a londoni és a moszkvai rádió magyar vagy szerb nyelvű adásaiban. A zentai szláv nemzetiségű lakosság előtt felmerült az ismételt nemzeti felszabadulás reménye, a magyarok előtt viszont a régi Jugoszlávia alatti kisebbségi sors újbóli vállalásának, sőt az 1941-ben történt nemzeti atrocitásokért a felelősség viselésének lehetősége. Ilyen közhangulatban a gimnázium a háború, az egyre közeledő frontok pszichológiai hatása alatt élt: az érettségi vizsgákat rendeletileg előrehozták, hogy az érintett korosztály minél előbb bevonulhasson, a tanári kar fiatal tanerői pedig állandó készenlétben álltak a "SAS" behívótól rettegve, hogy bevonuljanak, vagy valahova eltűnjenek. Mindamellett a haladó értelmiségi frontnak mégis voltak képviselői a tanárok és a tanulók sorában is. A haladó eszmék terjesztését az önképzőköri munka leple alatt végezték. Betiltott írók könyveit adták kézről kézre, keresték a kapcsolatot a balos, népi mozgalmakkal, hallgatták a nyugati rádióadók magyar adásait, és az önképzőköri kiadványok sokszorosítására szolgáló berendezésen titokban több náciellenes, nyilas párt ellenes kiadványt nyomtattak ki.90
1943 őszén a tanév november elsején kezdődött, és korán, 1944 április elsején már be is fejeződött. A majdnem felére redukált tanévet a háborús körülményekkel indokolták. A következő tanévre vonatkozólag az intézeti évkönyv utolsó oldalán, a beíratkozási tájékoztatóban ezt közölte Simon Mihály igazgató: "A tanulók felvétele a jövő iskolai évre, tekintettel a rendkívüli viszonyokra, bizonytalan." Szeptemberben mégiscsak megtörténtek a beíratkozások, és a tanítás is megkezdődött. Ekkor már Makó felől ide lehetett hallani az ágyúdörgés tompa, vészjósló moraját. Bács megyét a magyar kormány október 4-én hadműveleti zónává nyilvánította, s ezen a napon a tanítást minden iskolában felfüggesztette. Négy nap múlva Zentára harc nélkül bevonult a szovjet Vörös Hadsereg 31. gárdahadtestének egyik gyalogsági alakulata. A város lakossága bénultan szemlélte a pergő eseményeket: október 8-án a városházán összeült az a "Népfelszabadító Bizottság" (Narodnooslobodilački odbor), amely március óta illegálisan működött, és két, szerb és magyar nyelvű röplapon felhívással fordult a lakossághoz. Október 12-én pedig a szerb lakosság ünnepélyes fogadtatást rendezett az elsőként megérkezett jugoszláv katonai egységnek, a VIII. vajdasági brigád Csókáról átkelő három századának. A háborúnak ugyan még nem volt vége, de a döntő fordulat Zentán már bekövetkezett.